Un yogur con cantidades suficientes (108 bacterias/mL) de S. thermophilus y L. bulgaricus (como es el caso de la mayoría de yogures comerciales) es muy bien tolerado por las personas que digieren mal la lactosa, dado que es comparable efectivamente a tomar suplementos de enzimas con los alimentos lácteos.
La lactasa bacteriana sobrevive en las condiciones ácidas del estómago, pues aparentemente está físicamente protegida dentro de las células bacterianas y es propiciada por la capacidad amortiguadora del yogur. El aumento del pH a medida que el yogur penetra en el intestino delgado, y un tránsito gastrointestinal más lento, permite que la lactasa bacteriana sea activa, digiriendo la lactosa del yogur lo suficientemente bien como para prevenir los síntomas en las personas con intolerancia a la lactosa.
En comparación con los yogures sin sabores, los yogures con sabor parecen presentar en cierta medida una menor actividad de la lactasa, aunque siguen siendo bien tolerados.