¿Qué diferencia hay entre la mala digestión de la lactosa y la intolerancia a la lactosa?

Son dos cosas distintas.
En ambos casos (mala digestión e intolerancia a la lactosa) solo se digiere una parte de la lactosa. La lactosa sin digerir llega hasta el colon.
En algunas personas, la fermentación bacteriana de la lactosa sin digerir en el colon produce uno o varios síntomas, como hinchazón, diarrea y flatulencia. Esto es lo que se conoce como intolerancia a la lactosa. Por tanto, la intolerancia a la lactosa es una mala digestión de la lactosa que termina generando uno o varios de estos síntomas.
Por otra parte, la intolerancia a la lactosa afecta a muy pocas personas, mientras que la mala digestión de la lactosa se da en el 70-75 % de la población mundial.

Fuentes:

Adolfsson et al. Am J Clin Nutr 2004; 80: 245-56.

Misselwitz et al. United European Gastroenterol J 2013; 1: 151-9.

Szilagyi et al. Can J Gastroenterol Hepatol 2015; 29: 149-56.